基因追蹤將 SARS-CoV-2 與野生動(dòng)物市場的動(dòng)物聯(lián)系起來

這病毒后新型冠狀病毒 （COVID-19）似乎首先是從武漢華南海鮮市場的圈養(yǎng)野生動(dòng)物跳到人類身上的，現(xiàn)在一項(xiàng)新的研究確定了可能攜帶病毒。

新的分析——對市場關(guān)閉后不久收集的宏基因組 RNA 數(shù)據(jù)——也支持積累證據(jù)SARS-CoV-2 病毒的起源。

第一個(gè)麻煩的跡象2019 年底在中國湖北省省會(huì)武漢。除了現(xiàn)已關(guān)閉的海鮮和動(dòng)物市場外，這座城市還是武漢病毒研究所 （WIV） 的所在地，科學(xué)家們在那里研究冠狀病毒。

雖然研究表明 SARS-CoV-2不是在實(shí)驗(yàn)室制造的，它與 WIV 出現(xiàn)在同一個(gè)城市引起了懷疑并引發(fā)了廣泛的猜測。例如，即使它是自然進(jìn)化的，一種流行的理論表明該病毒也可能是逃脫研究人員從野外收集了它。

有證據(jù)不足然而，許多病毒學(xué)家表示，病毒從華南市場的許多其他哺乳動(dòng)物之一跳到人類身上的可能性要大得多，那里的條件已經(jīng)成熟人畜共患溢出.

為了明確起見，一個(gè)國際研究團(tuán)隊(duì)于 2020 年初對中國疾病預(yù)防控制中心 （CDC） 收集的數(shù)據(jù)進(jìn)行了新的分析。

“這是關(guān)于 COVID-19 起源存在的最重要的數(shù)據(jù)集之一大流行病,"說該研究的資深作者、法國國家科學(xué)研究中心 （CNRS） 的進(jìn)化生物學(xué)家 Florence Débarre。

“我們非常感謝這些數(shù)據(jù)的存在和共享?！?/p>

中國疾病預(yù)防控制中心的調(diào)查人員于 2020 年元旦進(jìn)入華南市場，當(dāng)時(shí)市場因 COVID 關(guān)閉數(shù)小時(shí)后。雖然動(dòng)物已經(jīng)走了，但該團(tuán)隊(duì)從環(huán)境中采集了樣本。

在最初對飼養(yǎng)動(dòng)物的隔間表面進(jìn)行擦拭后，該團(tuán)隊(duì)幾天后返回，對更多的攤位、籠子和手推車進(jìn)行擦拭，并從下水道和下水道收集樣本。

他們還使用宏轉(zhuǎn)錄組測序來揭示樣本中檢測到的每種生物體的每個(gè) RNA 序列以及一些 DNA，并將這些與截至 2020 年 2 月 14 日的 SARS-CoV-2 早期病例的樣本進(jìn)行了比較。

中國 CDC 團(tuán)隊(duì)發(fā)表他們在自然界在 2023 年。他們總共有 800 多個(gè)樣本，雖然他們沒有具體說明哪些動(dòng)物是 SARS-CoV-2 的潛在中間宿主，但他們確實(shí)在開放訪問存儲(chǔ)庫中分享了他們的測序數(shù)據(jù)。

作者解釋說，這使得新的分析成為可能，該分析通過對樣本的線粒體基因組進(jìn)行基因分型來識(shí)別樣本中的動(dòng)物物種。

Débarre 與第一作者、微生物學(xué)家 Alexander Crits-Christoph 及其同事一起，在飼養(yǎng)動(dòng)物（包括貉子和果子貍）的攤位中發(fā)現(xiàn)了病毒的證據(jù)。一些樣本甚至在一個(gè)拭子上同時(shí)含有來自動(dòng)物和 SARS-CoV-2 的遺傳物質(zhì)。

“在中國疾病預(yù)防控制中心的團(tuán)隊(duì)到達(dá)之前，許多關(guān)鍵動(dòng)物物種已經(jīng)被清除，因此我們無法直接證明這些動(dòng)物被感染，”Débarre說.

“我們在環(huán)境樣本中看到了這些動(dòng)物的 DNA 和 RNA 幽靈，有些也在發(fā)現(xiàn) SARS-CoV-2 的隔間中，”她增加.“這就是在市場上有受感染動(dòng)物的情況下你所期望的?！?/p>

該研究還包括對 COVID 早期病毒基因組的進(jìn)化分析，尋找引發(fā)大流行的病毒的可能前身。結(jié)果表明，以前幾乎沒有人被感染過與市場相關(guān)的疫情.

“在本文中，我們表明與市場相關(guān)的序列與市場涌現(xiàn)是一致的，”Débarre說.“SARS-CoV-2 的主要多樣性從一開始就在市場上。”

根據(jù)他們的發(fā)現(xiàn)，作者列出了市場上最有可能起到的作用的動(dòng)物物種的簡短清單中間主機(jī).

普通的貉 （Nyctereutes procyonoides）是樣本中基因最豐富的動(dòng)物，但他們報(bào)告說，來自蒙面棕櫚果子貍（Paguma 幼蟲）也與來自 SARS-CoV-2 的 RNA 一起出現(xiàn)在一個(gè)攤位中。

研究人員指出，這兩個(gè)物種都與最初的 SARS 爆發(fā)有關(guān)，普通的貉子已知對 SARS-CoV-2 易感。

“我們知道，這些動(dòng)物與促成最初的 SARS 的動(dòng)物相同冠狀病毒在 2002 年跳入人類，”說亞利桑那大學(xué)的生態(tài)學(xué)家邁克爾·沃羅貝。

“這是我們能做的最冒險(xiǎn)的事情——帶走那些渾身是病毒然后通過讓它們與生活在大城市中心的人類接觸來玩火，這些城市的人口密度使這些病毒很容易扎根，“Worobey增加.

雖然這項(xiàng)新研究沒有證明任何動(dòng)物感染了 SARS-CoV-2，但它確實(shí)提供了有助于未來調(diào)查的線索，并進(jìn)一步將華南市場確立為 COVID 的發(fā)射臺(tái)。

“這篇論文為不斷積累的證據(jù)增加了另一層，這些證據(jù)都指向相同的情況：受感染的動(dòng)物于 2019 年 11 月中下旬被引入市場，這引發(fā)了大流行，”說美國斯克里普斯研究所的進(jìn)化生物學(xué)家克里斯蒂安·安德森。

這不僅與對 COVID 起源的回顧性研究有關(guān)，而且與預(yù)防未來的大流行病.

“自四年多前大流行開始以來，盡管人們越來越關(guān)注實(shí)驗(yàn)室安全，但并沒有采取太多措施來降低此類人畜共患病情況再次發(fā)生的可能性，”Worobey說.

該研究發(fā)表在細(xì)胞.

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